Hòn đảo có chiều dài khoảng 34 km (21 dặm), rộng 5 km (3 dặm) với tổng diện tích 128 km2 (49 dặm vuông Anh).[4] Hòn đảo được hình thành bởi hai phần cao nguyên chính có độ cao từ 150–200 m (490–660 ft) tại phía bắc và nam, được lối với nhau bởi một dải đất hẹp cao gần bằng mực nước biển. Những cao điểm trên đảo gồm núi Elder cao 385 m (1.263 ft) nằm ở phía đông bắc, Núi Hamilton và Fletcher cao 410 m (1.345 ft) ở phía nam.

Hòn đảo nằm ở vị trí tương đối giữa đảo Tasmania và Bán đảo Anderson trên lục địa Nam Cực với khoảng cách 1.500 km (930 dặm). Macquarie cũng cách 630 km (390 dặm) về phía tây nam của Đảo Auckland, và cách 1.300 km (810 dặm) về phía bắc của Quần đảo Balleny. Gần đảo Macquarie là Các đảo nhỏ Judge và Clerk nằm cách 14 km (9 dặm) về phía bắc, và các đảo nhỏ Bishop và Clerk nằm cách 34 km (21 dặm) về phía nam. Bishop và Clerk cũng là một phần của tiểu bang Tasmania, nó đánh dấu điểm cực nam của Úc. Vào thế kỷ 19, một hòn đảo ma có tên là Emerald được cho là nằm ở phía nam của Macquarie.

Hòn đảo là một phần lộ ra của Đứt gãy Macquarie tại nơi mảng Úc gặp mảng Thái Bình Dương và nằm rìa của mảng lục địa ngập nước Zealandia hưng không được coi là một phần của nó vì đứt gãy Macquarie là vỏ đại dương chứ không phải vỏ lục địa. Đây là nơi duy nhất ở Thái Bình Dương mà đá từ lớp phủ được đẩy lên trên mực nước biển.